Bij de uitvoeringen van de Johannes-Passion wordt ieder jaar het unieke Monteverdi-orgel ingezet. Dit ‘organo di legno’ (orgel met uitsluitend houten pijpen) is op initiatief van Krijn Koetsveld, en gesteund door het Nationaal Muziekinstrumenten Fonds als opdrachtgever en eigenaar van dit instrument, gebouwd door de firma Klop in Garderen. Het ontwerp is van de Italiaanse klavecinist Michele Barchi, die ook tekende voor de sublieme barokke beschilderingen van de orgelkast. Het instrument treft tegelijkertijd oog en oor: het is een fantastische blikvanger en valt ook op door de ‘suave’ (lieflijke) en tegelijk sprekende klank, dankzij de bouw en de maatvoering van de pijpen, die gemaakt zijn van Italiaans cipressenhout.